Агроэкологийн сургууль нь 1958 онд тухайн үеийн Хөдөө Аж Ахуйн Дээд Сургуулийн харьяанд Агрономийн факультет нэртэй байгуулагдаж, 1969 онд Агро-экономийн факультет, 1977 онд Агроном-инженерийн факультет, 1982 онд Агрономийн факультет, 1993 онд Ургамал, газар тариалангийн хүрээлэнгийн Агрономийн салбар, 1995 онд Агрономийн факультет, 2000 онд Агробиологийн факультет, 2001 онд Агробиологийн сургууль, 2014 онд Агроэкологийн сургууль гэсэн нэртэйгээр үйл ажиллагааг явуулж ирсэн. 

Байгуулагдсан цагаасаа газар тариалангийн салбарт мэргэжилтэн бэлтгэж, эрдэм шинжилгээ,  туршилт судалгааны ажил гүйцэтгэж ирсэн бөгөөд 1997 оноос газрын харилцааны салбарт, 1999 оноос ой, экологи, байгаль орчны салбарт мэргэжилтэн бэлтгэж эхэлсэн нь одоогийн Агроэкологийн сургуулийн судалгаа, сургалтын нэг томоохон хэсэг болсон байна.