Агроэкологийн сургуулийн нь байгуулагдсан цагаасаа эхлэн гадаадын их, дээд сургууль, хүрээлэн төвүүд, олон улсын байгууллагуудтай идэвхтэй, өргөн хүрээнтэй хамтын ажиллагаа хөгжүүлж ирсэн. Гадаад харилцаа хамтын ажиллагааг өргөжүүлэх ажлын хүрээнд хамтарсан олон улсын эрдэм шинжилгээний хурал, семинар зохион байгуулах, оюутан болон багш солилцооны хөтөлбөрөөр туршлага солилцох, төсөл хөтөлбөр хэрэгцүүлэх замаар идэвхтэй үйл ажиллагаа өрнүүлж байна. Өнөөгийн байдлаар Агроэкологийн сургууль нь 8 улсын 15 их сургуультай хамтарсан төсөл хэрэгжүүлэх, судалгаа явуулах, эрдэмтэд, оюутан солилцох зэргээр амжилттай хамтран ажиллаж байна.  

• ОХУ, Буриадын ХАА-н академийн харьяа ХААИС

• БНХАУ-ын ӨМӨЗО-ны ХАА-н шинжлэх ухааны хүрээлэн, ХААИС-ийн Экологи орчны сургууль

• Японы Токиогийн ХААИС-ийн Хокайдогийн салбар сургууль

• АНУ-ын Хойд Каролины Их Сургууль

• Австрийн БОКҮ- ийн их сургууль

• ХБНГУ – ын Фрайбургийн их сургууль

• Исландын нэгдсэн үндэстний их сургуулийн дэргэдэх   “UNU-LRT байгууллага”

• Чехийн Менделийн их сургууль

• ОХУ, Газар зохион байгуулалтын улсын их сургууль 

• ОХУ, Сибирийн геосистем, технологийн улсын их сургууль  

• ОХУ, Буриадын улсын их сургууль 

• БНХАУ, Өвөрмонголын тариалангийн их сургууль 

• БНСУ-ын Кёнсанбүг аймгийн ХАА технологийн хүрээлэн

• БНСУ-ын Кангвон аймгийн ХАА технологийн хүрээлэн

• БНСУ-ын Вонгуаны Их Сургууль