Агроэкологийн сургууль нь тайлант хугацаанд Хөдөө аж ахуйн их сургуулийн захирлын 2018 оны 06 дугаар сарын 13-ны өдрийн А/156 тоот тушаалаар үйл ажиллагаа явуулж байна.

Тус сургууль нь Эрдмийн зөвлөл, Захиргааны зөвлөл, Сургалтын алба, Газар тариалан, хөрс судлалын тэнхим (ГТХСТ), Таримал судлал, ой, ландшафт архитектурын тэнхим (ТСОЛАТ), Газрын менежментийн тэнхим (ГМТ), Экологийн тэнхим (ЭКТ) гэсэн нэгжүүдтэйгээр ажиллаж байна.